Der Nachlass der Familie Amerbach ist über den ganzen Bestand der UB verstreut. Der Hauptteil des handschriftlichen Nachlasses befindet sich unter den Signaturen C VIa-b. Die Korrespondenz ist mehrheitlich unter den Signaturen G II 13-33 zu finden. Des Weiteren finden sich verstreut aufgestellte Handschrift sowie die Amerbach-Bibliothek im historischen Bestand. Alle Teile sind, zumindest rudimentär. erschlossen. Überhaupt nicht erschlossen sind die weiteren, nur teilweise zum Amerbach-Nachlass gehörenden Nummern der Gruppe (C VIb 51-185). - Während die Buchhandschriften ebenso wie die Drucke ihren Weg in die geordneten Bestände fanden und auch die grossen Serien der Korrespondenz aufgestellt wurden, wusste man mit den teils in rohe Pappbände gebundenen, teils losen Papieren lange nichts Rechtes anzufangen. Wohl erst im 19. Jahrhundert wurden die grösseren Konvolute signiert, meist auf C, auf die späteren Gruppen von D (sie enthielten damals Historisches) oder auf λ. Carl Roth versuchte dann, diesen Bestand wieder zu vereinigen, indem er die Papiere der Amerbach auf C VIa, diejenigen ihres Erben Ludwig Iselin, den Nachlass von Ulrich Zasius und anderes auf C VIb umsignierte. Ganz hat er sein Ziel allerdings nicht erreicht: Vor allem isoliert stehende Stücke entgingen ihm und solche, deren Zugehörigkeit zu den Amerbachiana nicht leicht zu erkennen war, ganz abgesehen davon, dass gewisse Blätter und Hefte bereits in vermischte Konvolute oder unter ungeordnete Manuskripte diverser Herkunft geraten waren. Auch die Unterscheidung von Amerbachischem und Iselinischem ist nicht durchwegs gelungen, wie überhaupt dieser Komplex bei weitem der schwierigste des ganzen Handschriftenbestandes sein dürfte. Immerhin, durch die Bildung der beiden Gruppen sind die Amerbachiana in der Hauptsache erst übersehbar und benutzbar geworden.